○ 「조세특례제한법」 제91조제1항은 거주자가 상장법인의 주식을 1년 이상 보유하고 해당 법인으로부터 2008년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대한 소득세 부과의 특례를 규정하면서, 주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 이하 보유한 경우에는 소득세를 부과하지 아니하고(제1호), 주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 초과 1억원 이하 보유한 경우에는 배당소득 전부에 대하여 「소득세법」 제129조의 규정에 불구하고 원천징수세율을 100분의 5로 하며, 해당 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 의한 종합소득과세표준에 합산하지 아니하도록(제2호) 규정하고 있습니다.
○ 그리고 「조세특례제한법」 제91조제5항에서 상장법인이 주식에 대한 배당금을 지급하는 때에는 해당 배당기준일 현재 액면가액의 합계액이 3천만원 이하인 주식보유자와 3천만원 초과 1억원 이하인 주식보유자를 각각 비과세대상자 및 분리과세대상자로 구분하여 그 주민등록번호와 성명을 「증권거래법」에 의한 증권예탁결제원에 각각 통지하고, 증권예탁결제원은 해당 법인의 주권을 예탁한 증권회사에 해당 법인별로 이를 각각 다시 통지하도록 하며, 「조세특례제한법」 제91조제6항·제7항 및 「조세특례제한법 시행령」 제92조제2항 등에서는 증권회사는 「조세특
례제한법」 제91조제5항에 따라 통지받은 자에 한하여 「조세특례제한법」 제91조제1항·제3항 및 제4항을 적용해야 하고, “장기보유주식 비과세명세서” 및 “장기보유주식 배당소득 분리과세명세서”를 원천징수 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있습니다.
○ 한편, 종전의 「조세특례제한법」(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것을 말함. 이하 같음) 제91조제1항 및 제2항에서는 거주자가 법인의 주주로서 ①주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식을 주권상장 또는 협회등록 이후 1년 이상 보유할 것, ②해당 법인의 배당기준일 현재 「소득세법」 제20조제3항에 의한 해당 법인의 소액주주일 것의 요건을 모두 갖춘 경우에, 1년 이상 보유한 주식의 액면가액 합계액이 5천만원 이하이면 비과세하고, 5천만원 이상 해당 법인의 발행주식총액의 100분의 1에 해당하는 금액과 액면가액의 합계액 3억원 중 적은 금액에 해당하면 원천징수세율을 100분의 10으로 하여 분리과세를 하도록 규정하고, 같은 조 제5항에서는 제1항 및 제2항에 따른 장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수 특례의 적용절차에 대하여 규정하고 있었는데, 구 「조세특례제한법」(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것을 말함. 이하 같음) 제9
1조제1항에서는 장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수 특례의 적용요건 중 “소액주주일 것”의 요건을 삭제하고, 주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식을 주권상장 또는 협회등록 이후 1년 이상 보유한 거주자에 대한 비과세와 분리과세의 기준을 규정하면서 같은 조 제5항은 종전의 「조세특례제한법」 제91조제5항과 같이 같은 조 제1항을 적용할 수 있는 대상자의 요건으로 주권상장법인 또는 협회등록법인이 주식에 대한 배당금을 지급하는 때에는 해당 배당기준일 현재 액면가액의 합계액이 5천만원 이하인 주식보유자와 5천만원 초과 3억원 이하인 주식보유자를 각각 비과세대상자 및 분리과세대상자로 구분하여 그 주민등록번호와 성명을 「증권거래법」에 의한 증권예탁원에 각각 통지한 자로 규정함으로써 장기보유주식의 배당소득에 대하여 비과세 또는 분리과세의 특례가 적용되는 대상자는 종전의 「조세특례제한법」 제91조제1항제2호의 소액주주로 한정함으로써 구 「조세특례제한법」 제91조제1항의 본문은 과세 특례 적용대상인 배당소득의 요건을, 각 호는 과세 특례 적용대상인 주주의 요건을 규정한 것입니다.
○ 그렇다면, 「조세특례제한법」 제91조제1항 본문에 따라 장기보유주식의 배당소득에 대하여 비과세 또는 분리과세의 특례가 적용되는 대상자는 같은 항 제1호
또는 제2호에 해당하는 자로서 같은 조 제5항 및 제6항에 따라 증권회사에 통지된 법인별 해당 배당 기준일 현재 액면가액의 합계액이 3천만원 이하의 주식보유자인 “비과세대상자” 또는 3천만원 초과 1억원 미만의 주식보유자인 “분리과세대상자”라고 할 것이고, 같은 법 제91조제1항의 특례는 같은 법 제5항 및 제6항에 따른 “비과세대상자” 또는 “분리과세대상자”가 보유하고 있는 상장법인별 총 주식 중에서 1년 이상 보유한 주식의 배당소득에 대하여 적용된다고 할 것인바, 그 비과세 또는 분리과세의 부과기준이 되는 같은 조 제1항제1호 및 제2호의 “액면가액의 합계액”은 해당 배당기준일 현재 거주자가 보유하고 있는 상장법인별 총 주식의 액면가액을 모두 합하여 계산해야 할 것입니다.
○ 따라서 「조세특례제한법」 제91조제1항에 따라 거주자가 상장법인으로부터 지급받은 배당소득에 대한 소득세의 비과세 또는 분리과세의 부과기준이 되는 같은 항 제1호 및 제2호의 “액면가액의 합계액”은 같은 조 제5항의 배당기준일 현재 거주자가 보유하고 있는 상장법인별 총 주식의 액면가액의 합계액을 말한다고 할 것입니다.