○ 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 제5조」의 규정에 의하면, 책임운영기관의 조직·운영·예산 및 회계에 관하여 다른 법률의 규정과 서로 다른 경우에는 「동법」을 우선하여 적용하도록 하고, 「동법 제27조」 및 「제29조의2」의 규정에 의하면, 책임운영기관의 사업을 효율적으로 운영하기 위하여 책임운영기관특별회계를 두도록 하면서, 책임운영기관이 점유 또는 관리하는 국유재산 및 물품을 책임운영기관특별회계로 귀속되는 것으로 하고 있으며, 「동법 제32조제1항」의 규정에 의하면, 책임운영기관특별회계의 세입은 사업의 운영관련 수입 또는 기타 사업과 관련된 수입금으로 하고 있는 한편, 「어항법 제25조의2제4항」 및 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 제23조제1항제6호」의 규정에 의하면 국가어항의 토지매각대금을 수산발전기금에 납입하도록 하고 있습니다.
○ 책임운영기관은 정부가 수행하는 사무 중 공공성을 유지하면서도 경쟁원리에 따라 운영하는 것이 바람직한 사무를 수행하는 기관에 설치되고 동 기관의 장은 행정 및 재정상의 자율성을 최대한 부여받아 그 운영성과에 대하여 전적으로 책임을 지는데 그 운용의 의의가 있다 할 것(「동법 제2조」)이고, 책임운영기관의 예산 및 회계에 대해서는 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률」이 다른 법률에 우선하여 적용된다 할 것(「동법 제5조」)입니다. 책임운영기관이 점유 또는 사
용하는 국유재산 및 물품을 책임운영기관특별회계에 속하는 것으로 보도록 하는 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 제29조의2」의 규정은 국유재산과 물품이 일반회계 또는 다른 특별회계로 분산되어 있어 책임운영기관의 사업성과와 재정상태를 명확하게 파악할 수 없다는 문제점과 국유재산 등의 사용·수익에 따른 수익금의 회계처리 등에 있어 혼선이 야기되는 문제점을 해결하기 위하여 일원화된 회계처리가 이루어질 수 있도록 하는데 그 취지가 있다 할 것인 바(법률개정당시 개정안의 주요내용 및 국회 검토보고서의 내용), 이러한 맥락에서 본다면 책임운영기관의 일원화된 회계처리를 위하여 책임운영기관이 관리하는 국유재산 뿐만 아니라 그 국유재산을 매각한 경우 매각대금도 「동법 제32조제1항제6호」의 규정에 의한 “기타 사업과 관련된 수입금”으로 보아 책임운영기관특별회계의 수입으로 귀속되는 것이 타당하다 할 것입니다. 따라서, 책임운영기관인 지방해양수산청이 관리하는 국가어항 배후부지의 매각대금의 귀속에 대하여는 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 제29조의2」의 규정이 「어항법 제25조의2제4항」 및 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 제23조제1항제6호」의 규정에 대한 특별규정이 된다 할 것입니다.
○ 또한, 신법우선의 원칙에 따라 살펴보아도 책임운영기관의 소관으로 되어 있는 국유재산 및 물품은 책임운영기관특별회계에 속한다
고 되어 있는 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 제29조의2」의 규정은 2002. 3. 25.부터 시행되었고, 국가어항의 토지매각대금은 수산발전기금에 납입한다고 되어 있는 「어항법 제25조의2제4항」 및 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법 제23조제1항제6호」의 규정은 2001. 9. 12. 시행되었으므로, 책임운영기관의 국가어항 토지매각대금의 귀속에 대하여는 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 제29조의2」의 규정이 우선 적용된다고 할 것입니다.
○ 따라서, 책임운영기관인 대산지방해양수산청이 관리하는 국가어항배후부지 매각대금은 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 제29조의2」의 규정에 의하여 책임운영기관특별회계에 귀속시켜야 할 것입니다.