○ 「지방자치법 제15조」의 규정에 의하면 지방자치단체는 자신의 사무(자치사무)에 관하여 조례를 제정할 수 있고, 「동법 제9조」에서 예시된 사무중 “농림·축·수산물의 생산 및 유통지원”에 농산물생산자를 위한 지원이 포함될 수 있으며, 「동법 제11조」에서 처리가 제한되는 국가사무로 규정한 “농림·축·수산물 및 양곡의 수급조절과 수출입등 전국적 규모의 사무”에 직접지불제는 WTO규정 및 국제농산물시장의 동향 등을 고려하여 전국적·통일적으로 시행하여야 할 사업으로서 이에 해당된다고 할 것이나, 「제주국제자유도시 특별법 제49조제2항제8호」의 규정에서 도지사는 “농산물의 생산자를 위한 소득보조” 등 지원사항을 포함하여 발전계획을 수립·추진하도록 하고 있으므로 이는 「지방자치법 제11조 본문 단서」의 규정에 의하여 지방자치단체가 처리할 수 있는 경우인 “법률에 이와 다른 규정이 있는 경우”에 해당된다고 볼 수 있을 것입니다.
○ 「제주국제자유도시 특별법 제1조」에서 「동법」은 제주도를 국제자유도시로 개발함으로써 국가발전에 기여함과 동시에 제주도민이 주체가 되어 제주도를 국제자유도시로 개발하기 위한 법률이라는 제정목적을 밝히고 있는 점과 「동법 제3조」에서 규정한 제주도의 책무로서 제주도민의 참여와 다른 지방자치단체와의 협력을 통하여 제주도가 국제자유도시로 발전될 수 있도록 필요한 계획과 시책을 수립·시행하여야 한다고 규정하고 있는 점
, 「동법 제4조」 및 「제5조」에서 제주도지사가 농업·임업·축산업·수산업의 진흥에 관한 사항을 포함하는 종합계획을 수립·추진하는 때에 의회의 동의를 얻도록 하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 이는 제주도의 발전을 위하여 처리하여야 할 사무와 그 수행의 의무 및 권한을 제주도에 부여한 것으로 보아야 할 것입니다.
○ 특히, 「동법 제49조제2항제8호」에서 도지사는 “농산물의 생산자를 위한 소득보조” 등 지원사항을 포함하여 농·임·축·수산업 발전계획을 수립·추진하도록 하고 있는 바, 이는 제주도의 경우 그 규모가 작아 직접지불제에 관한 예외를 인정하더라도 국가 차원의 사무수행에 큰 지장이 없고 국가가 시행하는 직접지불제가 논농업 위주인데 반하여 제주도에서는 밭농업 위주의 농산물생산이 이루어지고 있는 특성을 고려하여 제주도의 경우에는 직접지불제에 관한 사무를 직접 처리할 수 있는 권한을 부여한 것이라 볼 수 있을 것입니다.
○ 또한, 「제주국제자유도시 특별법 제49조제3항」에서와 같이 발전계획의 시행에 필요한 재원을 조달·공급하기 위하여 도조례가 정하는 바에 의하여 지역농어촌진흥기금을 설치하도록 하고 있는 바, 이는 법률에서 자치사무로 도입된 직접지불제의 운영을 위하여 경비부담 등에 관한 사항 등 자치사무의 처리를 위하여 필요한 실질적인 사항을 도조례로 정할 수 있도록 한 것이라 볼 때 제주도의 경우에는 직접지불제에 관한 사무를
법률에서 자치사무로 규정한 것으로서 도의회가 이에 관한 조례를 제정할 수 있다고 할 것입니다.
○ 다만, 위 규정에 의하여 제주도에 있어서 직접지불제에 관한 사무를 자치사무로 정하였다고 하더라도 「제주국제자유도시 특별법 제49조제6항」, 「세계무역기구협정의 이행에 관한 특별법 제11조제2항」 및 「농업·농촌기본법 제39조」 등에서 직접지불제를 국가 또는 정부가 처리하여야 할 사무로 규정하고 있으므로 제주도에 있어서 직접지불제에 관한 사무는 국가와 지방자치단체가 공히 처리할 수 있는 공동사무의 성격도 가지고 있다고 할 것입니다.