○ 대도시에 있는 기초자치단체간의 재정적 격차 문제를 해결하기 위해 서울특별시 등 대도시의 행정 특례로서 「지방자치법」 제173조에서는 특별시장이나 광역시장은 시세수입 중 일정액을 확보하여 조례로 정하는 바에 따라 해당 지방자치단체의 관할 구역 안의 자치구 상호간의 재원을 조정해야 한다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제117조에서는 자치구 상호간의 조정재원은 해당 시세 중 취득세와 등록세로 한다고 규정하여 1988년부터 특별시·광역시와 자치구간의 조정교부금제도를 운영하고 있습니다.
○ 한편, 조세부담의 형평성을 높이기 위하여 시·군·구세였던 종합토지세를 폐지하고, 시·군·구세였던 재산세에 대하여는 건물 및 부속토지 통합 방식의 재산세를 부과하되, 일정금액 이상의 주택에 대하여는 국세인 종합부동산세를 부과(「지방교부세법」에 따른 부동산교부세의 재원으로 사용됨)하여 부동산보유세제를 지방세와 국세로 이원화하되, 부동산보유자인 납세자에게 과도한 세 부담이 되지 않도록 등록세율(2005. 1. 5. 법률 제7332호) 및 취득세율(2005. 12. 31. 법률 제7843호)을 인하하는 내용으로 「지방세법」이 개정되었고 「종합부동산세법」이 제정되었는데(2005. 1. 5. 법률 제7828호), 이러한 부동산세제 개편으로 부동산 보유세 및
거래세의 수입 감소가 예상되자 정부는 「종합부동산세법」에 따른 종합부동산세의 세수 전액을 위 지방세 세수감소분으로 보전하기 위하여 2005년 12월 31일 「지방교부세법」을 개정하여 부동산교부세를 신설하였습니다.
○ 신설된 부동산교부세의 내용을 살펴보면, 「지방교부세법」 제2조제1호에서 “지방교부세”란 「지방교부세법」에서 정하는 재원 및 방법으로 국가가 재정적 결함이 생기는 자치단체에 교부하는 금원으로, 그 종류로는 보통교부세, 특별교부세, 분권교부세 및 부동산교부세가 있으며(제3조), 그 중 부동산교부세는 종합부동산세 총액과 같은 법 제5조제2항에 따른 정산액을 재원으로 하되(제4조제3항), 지방자치단체에 전액 교부해야 한다고 되어 있습니다(제9조의3제1항).
○ 또한, 「지방교부세법」 제9조의3제2항에 따르면 부동산교부세의 교부기준에 대하여는 부동산세제 개편에 따른 지방자치단체의 세수감소분을 기초로 산정하되 재정여건 등을 고려하여 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제10조의3에 따르면 부동산교부세를 산정하는 기초인 세수감소분은 재산세감소분과 거래세감소분으로 구분하되(제1항), 거래세감소분은 부동산에 대한 2005년도분 취득세 부과액과 등록세 부과액을 합한 세액에 1996년부터 2005년까지의 10년간 전국
평균 취득세·등록세 세수증감률지수를 곱한 세액에서 부동산에 대한 해당 연도 취득세 부과액과 등록세 부과액을 합한 세액을 차감하여 특별시·광역시·도 및 특별자치도별로 산정하고(제3항), 부동산교부세 총액은 자치단체별 세수감소분에 해당하는 금액을 먼저 교부하고 잔액이 있으면 같은 조 제4항제2호 각 목의 기준에 따라 특별자치도 및 시·군·자치구별로 균형재원으로 교부하도록 하고 있습니다(제4항).
○ 요컨대, 「지방자치법」 제173조 및 같은 법 시행령 제117조에 따르면 특별시장·광역시장은 시세수입인 취득세와 등록세를 자치구의 조정교부금으로 사용하도록 되어 있고, 「지방교부세법 시행령」 제10조의3제3항에 따르면 지방세제 개편에 의한 취득세·등록세율의 인하 이후에 발생하는 특별시·광역시의 시세수입 감소분(거래세감소분)에 해당하는 금액을 특별시·광역시에 부동산교부세로 교부하도록 되어 있는바, 특별시·광역시는 취득세·등록세 수입을 「지방자치법」 제173조 등의 조정교부금 제도에 따라 자치구에 일정 부분(서울특별시의 경우 50%, 조례로 규정함)을 교부하는 외에 위 지방세제 개편 이후 종전과 비교하여 감소된 취득세와 등록세를 보전받기 위하여 교부받은 부동산교부세 중 일정 부분을 자치구에 교부하여야 하는지가 문제됩니다.
○ 그런데 부동산
교부세의 배분은 「지방교부세법」 제9조의3 및 같은 법 시행령 제10조의3에 따라야 하고, 그 규정에서는 거래세감소분 부동산교부세는 특별시·광역시·도 및 특별자치도에 교부하도록 되어 있어 자치구에 이를 교부할 수 있는 근거가 없으며, 「지방자치법」 제173조 및 같은 법 시행령 제117조에서 자치구조정교부금은 시세수입 중 취득세와 등록세로 한다고 명시하고 있어 역시 부동산교부세를 재원으로 할 수 있는 근거가 없습니다.
○ 따라서, 거래세감소분 부동산교부세는 「지방자치법 시행령」 제117조에 따른 자치구 상호간의 재원을 조정할 수 있는 시세수입인 취득세와 등록세로 볼 수 없습니다.