「소득세법」 제104조의3제2항, 같은 법 시행령 제168조의14제3항제5호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5제4항제2호에 따르면, 같은 법 제104조에 규정된 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과(重課)제도의 시행일인 2007년 1월 1일 전에 이농한 자가 「농지법」 제6조제2항제5호에 따라 이농 당시 소유하고 있는 농지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니하도록 하고 있습니다.
우선 농지가 2000년 8월 「소득세법」 제104조의3제1항제1호나목 본문에 따른 도시지역(이하 “도시지역”이라 함)으로 편입된 경우로서 같은 목에 해당하는 경우에는 원칙적으로 「소득세법」 제104조의3제1항에 따라 비사업용 토지로 보아야 할 것이나, 예외적으로 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14제3항제5호에 따라 같은 법 시행규칙 제83조의5제4항제2호에 해당되는 경우에는 같은 법 제104조의3제1항을 적용할 때 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있습니다.
그런데 「소득세법 시행규칙」 제83조의5제4항제2호는 2006년 12월 31일 이전에 이농한 자에 대하여만 적용되도록 규정하고 있는바, 농지를 양도 시까지 재촌·자경하던 자가 해당 농지를 양도한 경우에는 이농한 경우가 아니므로 위 규정의
문언상 해당 규정이 적용된다고 할 수는 없습니다.
또한 「소득세법」 제104조의3제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제168조의8제4항부터 제6항까지의 규정에서는 도시지역에 편입된 농지에 대하여는 재촌·자경하는 경우 또는 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 농지를 소유할 수 있는 경우라고 하더라도 도시지역 편입일로부터 2년이 지난 경우에는 비사업용 토지로 보도록 하고 있는바, 이러한 도시지역 안의 농지는 원칙적으로 재촌·자경 여부에 관계없이 비사업용 토지로 보아야 하는 것입니다.
그리고 「소득세법」 제104조의3제2항, 같은 법 시행령 제168조의14제3항 및 같은 법 시행규칙 제83조의5제4항에서 「소득세법」(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것을 말함) 제104조에 규정된 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과(重課)제도의 시행일일 2007년 1월 1일 전에 이농 등 일정한 사유가 발생한 경우 또는 일정한 요건을 갖춘 경우에는 비사업용 토지로 보지 않도록 하면서 해당 제도의 시행일 전에 도시지역으로 편입된 경우에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 않고, 특히 비사업용 토지로 보지 아니하는 것의 하나로 규정하고 있는 같은 법 시행령 제168조의14제3항제1호의2 본문의 경우에 대하여 해당 토지가 양도 당시 도시
지역 안의 토지인 경우에는 다시 제외되도록 하고 있습니다.
이와 같이 농지가 도시지역으로 편입된 후 일정기간이 지난 경우에는 해당 농지의 비사업용 토지에의 해당 여부를 판단함에 있어서 재촌·자경 여부는 고려 요소로 규율되고 있지 않고, 도시지역 안의 토지에 대하여는 비사업용 토지에의 해당 여부 판단에 있어서 달리 규율되고 있는 점 등을 종합하여 보면, 도시지역으로 편입된 농지에 있어서 이농자와 달리 재촌·자경 농민에 대하여 「소득세법 시행규칙」 제83조의5제4항제2호의 적용 대상으로 보지 않는다고 하여 「소득세법」 제104조의3 등의 규정 취지에 반한다고는 할 수 없습니다.
따라서 1995년 5월 농지를 취득하여 해당 농지 소재지에 재촌하면서 해당 농지의 양도 시까지 자경을 해오던 자가 2007년 이후 2009년 12월 31일 이전에 해당 농지를 양도하였는데, 해당 농지가 2000년 8월 도시지역으로 편입된 경우로서 「소득세법」 제104조의3제1항제1호나목에 해당하는 경우, 해당 농지에 대하여는 같은 조 제2항에 따라 같은 법 시행규칙 제83조의5제4항제2호에 해당되는 토지로 볼 수 없으므로 같은 법 제104조의3제1항을 적용할 때 비사업용 토지로 보아야 합니다.