「하수도법」 제1조에 따르면 이 법은 하수도의 설치 및 관리의 기준 등을 정함으로써 하수와 분뇨를 적정하게 처리하여 공공수역의 수질을 보전함을 목적으로 하고 있고, 같은 법 제2조제9호에서는 “공공하수처리시설”이라 함은 하수를 처리하여 하천·바다 그 밖의 공유수면에 방류하기 위하여 지방자치단체가 설치 또는 관리하는 처리시설과 이를 보완하는 시설을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제7조제1항 및 같은 법 시행규칙 제3조제1항에 따르면 공공하수처리시설의 방류수수질기준은 별표 1에 따른다고 규정하고 있는 반면, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」(이하 “수질보전법”이라한다) 제1조에 따르면 이 법은 수질오염으로 인한 환경상의 위해를 예방하고 공공수역의 수질 및 수생태계를 적정하게 관리·보전함을 목적으로 하고 있고, 같은 법 제2조제10호에서는 “폐수배출시설”이라 함은 수질오염물질을 배출하는 시설물·기계·기구 그 밖의 물체로서 환경부령이 정하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제32조제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조에서는 폐수배출시설 수질오염물질의 배출허용기준은 별표 13에 따른다고 규정하고 있습니다.
이처럼, 「하수도법」은 하수도의 설치 및 관리를 위해 제정된 법이고, 수질보전법 제12조에 따르면 환경부장관은 공공수
역의 수질오염방지를 위하여 특히 필요하다고 인정하는 때에는 하수관거, 공공하수처리시설 등을 설치·정비하게 할 수 있는데 이 경우 공공하수처리시설에서 배출되는 물의 수질기준은 「하수도법」에 따르도록 하고 있으며, 수질보전법 시행규칙 별표 13의 제2호나목 3) 비고 제2호에 따르면 해당 사업장에서 배출되는 폐수를 폐수종말처리시설 또는 「하수도법」에 따른 공공하수처리시설에 유입시키는 폐수배출시설에는 생태독성 배출허용기준을 적용하지 아니한다고 규정하고 있어, 수질보전법 시행규칙 별표 13의 제2호나목 3)의 생태독성 배출허용기준은 폐수종말처리시설 또는 공공하수처리시설을 거치지 않는 폐수배출시설에 한해서만 적용되는 것에 비추어 볼 때, 공공하수처리시설의 생태독성 방류수수질기준은 「하수도법」에 따라야 할 것입니다.
또한, 「하수도법」 제7조의 위임에 따라 공공하수처리시설의 방류수수질기준을 정하고 있는 같은 법 시행규칙 별표 1을 살펴보면, 같은 별표의 제2호 비고 제5호에서 생태독성 기준을 적용함에 있어 생태독성 기준을 적용할 폐수배출시설의 대상을 정하기 위해 수질보전법을 인용하고 있을 뿐, 별도로 공공하수처리시설의 생태독성 방류수수질기준에 수질보전법을 적용한다는 규정을 두고 있지 않고, 생태독성 배출허용기준은 최근 유해화학물질의 사용이 증가
되어 산업폐수에 함유된 수질오염물질이 수생태계에 미치는 독성이 커짐에 따라 이를 관리할 필요성이 있어 제정된 것으로, 생태독성물질을 체계적으로 관리하여 수생태계를 보전하고 수질을 개선하기 위해서는 생태독성에 따른 행정처분 기준 등을 완화한 예외 규정은 엄격히 해석해야 할 것인데, 수질보전법 시행규칙 별표 13의 제2호나목 3) 비고 제6호에서 생태독성 배출허용기준 초과원인이 염으로 증명된 경우 기준을 초과하지 아니한 것으로 본다는 규정은 공공수역에 방류하는 경우에만 적용되는 것이라고 명시하고 있음에도 불구하고, 폐수를 공공하수처리시설에 방류한 경우 공공하수처리시설의 방류수수질기준에도 위 비고 제6호를 적용하는 것은 지나친 확장해석이라 할 것입니다.
한편, 「하수도법 시행규칙」 별표 1의 제2호 비고 제5호에 따라 생태독성 방류수수질기준이 적용되는 폐수배출시설과, 수질보전법 시행규칙 별표 13의 제2호나목 3) 비고 제2호에 따라 생태독성 배출허용기준이 적용되는 폐수배출시설이 동일함에도 불구하고, 중간에 공공하수처리시설을 거쳤다는 이유로 차이를 두는 것이 불합리하다는 주장이 있을 수 있으나, 공공하수처리시설의 방류수는 그 규모가 대규모여서 그 파급효과 또한 크고, 일반 산업폐수의 경우 사업자의 비용부담으로 수질오염방지시설을 설치하여야 하
는 반면, 공공하수처리시설은 국고 또는 지방자치단체의 부담으로 지방자치단체의 장이 공중위생의 향상을 위해 설치한 것으로 공익성이 더욱 크다고 볼 수 있는 점에 비추어 볼 때, 생태독성 배출허용기준의 도입취지를 살리기 위해서 공공하수처리시설에 예외규정을 두지 않은 것이 불합리하다고 볼 수도 없습니다.
따라서, 「하수도법 시행규칙」 별표 1의 제2호에 규정된 공공하수처리시설의 생태독성 방류수수질기준을 적용할 때 수질보전법 시행규칙 별표 13의 제2호나목 3) 비고 제6호는 적용되지 않는다고 할 것입니다.