「조세특례제한법」 제120조제6항제8호는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우로서 과점주주에 해당하는 경우에는, 취득세의 납세의무에 관한 「지방세법」 제105조제6항을 적용하지 않는다고 규정하고 있습니다.
한편, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다) 제2조제1호의2 및 같은 법 시행령 제2조제1항에 따르면, 지주회사란 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 자산총액이 설립등기일 등 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 1천억원 이상인 회사를 말한다고 되어 있고, 같은 법 제8조의2에서는 지주회사의 행위제한 등에 대하여 규정하고 있으며, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다) 제276조제1항에서는 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 “사모투자전문회사등”이라 한다)가 다른 회사의 의결권 있는 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 투자를 하는 경우 이를
충족하는 날부터 10년이 되는 날까지 적용하지 아니한다고 하고 있습니다.
먼저, 「조세특례제한법」에서 과점주주인 지주회사에 대하여 취득세를 면제하는 취지에 대하여 살펴보면, 기존의 대규모 기업집단이 계열기업간 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 있었던 것에 비하여, 지주회사는 수직적인 단순한 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄 도산의 위험을 차단하며, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점에 주목하여, 국가는 이러한 지주회사로의 전환이나 설립을 촉진하기 위하여 세제지원(稅制支援)을 하는 것으로 볼 수 있습니다.
그러나, 사모투자전문회사등은 자본시장법 제271조제1항제5호 등에 따라 회사에 상근임원이나 직원을 둘 수 없으며, 본점 외의 영업소를 설치할 수 없는 서류상의 회사(paper company)로서, 다른 회사(자회사)의 사업내용을 비교적 장기간 지배하는 것을 목적으로 하는 일반 지주회사와는 달리 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 것을 목적으로 하여 투자자들에게 다양한 ‘투
자기회를 제공’하고, 구조조정 등에 활용될 수 있는 ‘자본을 효율적으로 공급’하여 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고자 구 「간접투자자산 운용업법」(2004. 10. 5. 법률 제7221호로 개정되어 2004. 12. 6. 시행된 것, 이하 구 「간접투자자산 운용업법」이라 한다)에서 도입된 제도로서 그 본질적인 목적은 투자에 의한 수익창출이라고 할 수 있을 것인바, 이러한 사모투자전문회사등이 공정거래법 제2조 및 같은 법 시행령 제2조에 따른 자산총액 요건과 주된 사업기준 요건을 충족하였다고 하더라도 이는 투자목적으로 재산을 운용하는 과정에서 지주회사의 요건과 같은 내용의 자산 규모 등을 갖게 된 것일 뿐 「조세특례제한법」상 취득세의 면제 취지와 같은 기업의 소유구조 개선을 위하여 지주회사로 설립ㆍ전환된 것으로 보기는 어렵습니다.
한편, 공정거래법상 지주회사 제도는 소액자본으로 거대자본을 지배할 우려 때문에 1987년 이래로 금지되어 오던 것을 외자유치 및 기업구조조정의 필요성에 따라 1999년에 지주회사의 설립ㆍ전환 자체는 허용하되, 과도한 경제력 집중 우려를 방지하기 위해 증손회사 이상 소유 금지, 자회사 지분율 요건 등 각종 장치를 마련하여 도입하게 된 것인바, 이러한 공정거래법에 따른 행위제한은 당초 지주회사 제도를 허
용하는 전제조건이었다고 할 수 있으므로, 「조세특례제한법」상 과점주주인 지주회사에 대한 취득세 면제 규정은 이러한 공정거래법에 따른 제한에도 불구하고 지주회사로 설립ㆍ전환하여 공정거래법이 도입 당시부터 예정하고 있던 지주회사로서의 실질을 갖춘 회사에 특별히 세제혜택을 주려는 의도라고 볼 것입니다.
이와 관련하여, 자본시장법 제276조제1항은 사모투자전문회사등이 제270조의 사모투자전문회사 재산의 운용방법에 관한 일정 요건을 충족하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있어 사모투자전문회사등은 공정거래법상 규제를 적용받지 않고 있는바, 위에서 살펴본 바와 같이 「조세특례제한법」상 취득세 면제 규정은 회사의 자산규모 및 자회사 주식 소유 등의 요건만으로 적용여부가 결정되는 것이 아니라 공정거래법상 제한에도 불구하고 지주회사로 전환ㆍ설립하려는 기업에 적용될 때 의미를 갖는 규정이라고 할 것이므로, 자본시장법에 따라 공정거래법상 제한을 받지 않는 기업에까지 이러한 세제혜택을 주는 것이 취득세 면제의 취지에 맞는 것이라고 보기는 어렵습니다.
그리고, 사모투자전문회사등이 처음 도입될 당시 구 「간접투자자산 운용업법」에 대한 국회 입법과정에서도 이러한
형태의 회사가 실질적으로 어떤 기업을 지배하고 하나의 그룹을 형성하기 위한 목적으로 만들어진 것은 아니고, 다양한 형태의 기업에 투자를 하여 기본적으로 지주회사의 성격을 갖는 것은 아니라고 하고 있으며, 지주회사의 성격을 갖는지에 대해 논쟁의 여지가 있으므로 10년 동안에 지주회사에 관한 규정을 부분적으로 배제하도록 한다는 취지가 있었음이 확인되는 점 등을 고려해 볼 때, 제도 도입당시부터 사모투자전문회사등을 지주회사로 보는 것으로 의도하였다고 보기도 어렵습니다.
따라서, 각 법령의 규정과 입법취지ㆍ입법연혁 등을 종합하면, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 사모투자 전문회사 또는 투자목적회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조에 따른 지주회사의 요건을 갖추고 과점주주에 해당하게 된 경우에도 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호의 과점주주에 대한 취득세 면제 대상에는 해당하지 않습니다.