2005. 12. 13. 대통령령 제19178호로 개정되기 전 「임대주택법 시행령」 제9조제5항 및 제13조제3항에 따르면 “국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자가 건설한 공공건설임대주택으로서 전용면적 60㎡를 초과하는 주택”은 분양전환가격 산정기준 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있었고, 2005. 12. 13. 대통령령 제19178호로 개정된 「임대주택법 시행령」(이하 “일부개정시행령”이라 함) 제9조제5항제1호에서는 “국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자가 건설한 전용면적 85㎡를 초과하는 주택”은 분양전환가격 산정기준 적용대상에서 제외하도록 규정하면서, 같은 영 부칙 제2항에서 “제9조제5항제1호 및 제2호의 개정규정은 같은 영 시행 후 최초로 입주자를 모집하는 임대주택부터 적용”한다고 적용례를 두었으며, 그 후 2008. 3. 21. 「임대주택법」이 법률 제8966호로 전부개정(이하 “전부개정법률”이라 함)됨에 따라 2008. 6. 20. 대통령령 제20849호로 전부개정된 「임대주택법 시행령」(이하 “전부개정시행령”이라 함) 제13조제5항제1호에서는 일부개정시행령 제9조제5항제1호의 규정내용을 그대로 규정하면서 이와 관련하여 전부개정시행령 부칙에서는 일부개정시행령의 부칙 제2항을
승계하는 규정을 두지 않았습니다.
개정 법령이 전문 개정인 경우에는 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전의 법령 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것인바, 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법령에서 종전의 법령 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이고, 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 할 것입니다.
우선, 일부개정시행령 부칙 제2항 적용례의 취지는, 종전에는 분양전환가격 및 임대료를 자율적으로 정하던 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하 임대주택도 일부개정시행령에 따라 분양전환가격
산정기준에 따르도록 변경되었음에도 불구하고, 분양전환가격 산정기준 적용 확대에 따라 예측하지 못한 임대사업자의 부담 증가를 완화할 필요성 등을 고려하여 일부개정시행령 시행 전에 이미 입주자 모집을 한 경우에는 그 적용대상에서 제외하기 위하여 일부개정시행령 시행일(2005. 12. 14.) 이후 최초로 입주자를 모집하는 임대주택부터 적용하도록 정책결정을 한 것입니다.
다음으로, 전부개정시행령은 “임대사업자와 임차인의 이해관계가 대립되어 분양전환이 지연되는 문제를 해결하기 위하여 분양전환승인 제도를 도입하고, 임대주택의 임대의무기간이 경과하였거나 부도 등이 발생하였는데도 분양전환을 하지 아니하는 경우에는 임차인이 직접 분양전환을 신청할 수 있도록 하는” 등 일부 제도의 개선과 병행하여 알기쉬운 법령 만들기 사업 추진을 위하여 전부개정한 것이나, 이 사안에서 문제되는 분양전환가격 산정기준 적용대상과 관련해서는 종전의 규정과 마찬가지로 “국가·지방자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자가 건설한 전용면적 85㎡”라는 기준이 변경되지 않았습니다. 이처럼 전부개정시 분양전환가격 산정기준 적용대상의 기준이 되는 전용면적의 변경이 없었던 점에 비추어 보면, 일부개정시행령 부칙 제2항에서 “이 영 시행 후 최초로 입주자를 모집하는 임대주
택부터 적용”하도록 한 정책결정을 특별히 변경할 의사가 있었다고는 볼 수 없고, 그럼에도 전부개정시행령 부칙에서 일부개정시행령 부칙 제2항을 승계하여 규정하지 못한 것은 입법상 누락으로 보이는바, 이는 특별한 사정이 있는 경우에 해당하므로 일부개정시행령 부칙 제2항의 효력이 실효되지 않았다고 할 것입니다(2009. 8. 28. 09-0247 해석례 참조).
한편, 전부개정법률 부칙 제3조의 적용례가 일부개정시행령 부칙의 적용례를 승계하지 않은 전부개정시행령에 적용될 수 있는 것 아닌가 하는 의문이 있을 수 있으나, 일부개정시행령 제9조제5항은 전부개정시행령에서 제13조제5항으로 규정되었을 뿐, 전부개정법률 제21조의 개정과 관련하여 그 내용이 개정된 바는 없으므로, 일부개정시행령 제9조와 관련된 그 부칙 제2항의 적용례와 전부개정법률 제21조와 관련된 같은 법 부칙 제3조의 적용례는 서로 규율하는 사항이 다르다고 할 것이며, 전부개정법률에서 부칙 제3조를 두었다고 하여 이것이 일부개정시행령 부칙 제2항의 계속적용 여부를 판단함에 있어서 고려할 요소라고 할 수 없습니다.
따라서, 2002. 9. 11.부터 2005. 12. 13.까지의 기간에 입주자 모집 공고하고, 2008. 6. 22. 이후 분양전환 허가를 신청한 국가·지방
자치단체·대한주택공사 또는 지방공사가 아닌 임대사업자가 건설한 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 공공임대주택의 분양전환시, 2005. 12. 14.자로 개정된 「임대주택법 시행령」 부칙 제2항이 적용되어 분양전환가격 산정기준 적용대상에서 제외됩니다.