○ 산업입지법 제40조제1항에 따르면 국토해양부장관은 산업단지 외의 지역에서의 공장설립을 위한 입지지정과 지정승인된 입지의 개발에 관한 기준을 작성·고시할 수 있다고 규정하고 있고, 위 규정을 근거로 하여 고시된 통합지침 제2조는 산업단지 및 산업단지 외의 개별공장의 입지 및 개발에 관하여 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 통합지침을 적용한다고 규정하고 있으며, 통합지침 제34조는 개별공장설립을 위한 입지지정신청은 산업입지법 제40조의 규정에 의한 산업단지 외의 지역에서 신청하는 경우를 말한다고 규정하고 있고, 통합지침 제36조제1항은 시장·군수는 “국토계획법에 의한 자연환경보전지역”이나 “상수원보호구역이 고시되지 아니한 경우에는 취수장으로부터 수계상 상류방향으로 유하거리 15킬로미터 이내인 지역과 하류방향으로 유하거리 1킬로미터 이내인 지역” 등에 대하여는 개별공장입지의 지정승인을 하여서는 아니된다고 규정하고 있습니다.
○ 한편, 산업집적법 제8조에서는 지식경제부장관은 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 “국토계획법 등 대통령령이 정하는 법령에서 용도지역별로 허용 또는 제한되는 공장의 업종·규모 및 범위 등에 관한 사항” 및 “환경오염을 일으킬 수 있는 공장의 입지제한에 관한 사항” 등에 관한 공장입지의 기준을
정하여 이를 고시해야 한다고 규정하고 있고, 위 규정을 근거로 하여 고시된 「공장입지 기준 고시」 제5조는 시장·군수·구청장은 도시형공장 이외의 공장을 상수원 등 용수이용에 현저한 영향을 미치는 지역의 상류에 설치하는 경우 등에 해당하는 경우에는 공장의 입지를 제한할 수 있고, 이 경우 시장·군수 또는 구청장은 제한대상시설 및 제한기간 등을 고시해야 한다고 규정하고 있으며, 「공장입지 기준 고시」 제7조 및 별표 2는 산업집적법 제8조제1호 및 같은 법 시행령 제12조제1항의 규정에 의하여 고시해야 할 용도지역별 허용 또는 제한되는 공장의 업종·규모 및 범위를 규정하고 있습니다.
○ 또한, 산업집적법 제13조에 따르면 공장설립을 하고자 하는 자는 시장·군수·구청장의 승인을 얻도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제19조에 따르면 시장·군수·구청장은 공장설립 등의 승인신청이 이 법이나 이 영, 그 밖의 관계 법령의 규정에 적합한지 여부를 검토하여 승인 여부를 결정하도록 규정되어 있는바, 이에 따르면 시장·군수·구청장이 공장설립 등의 승인여부를 결정할 때 산업집적법 및 그에 근거한 공장입지기준 고시뿐만 아니라 국토계획법이나 산업입지법 또는 그에 근거한 통합지침, 그 밖의 관계법령의 규정에 적합한지의 여부도 모두 검토해야 할 것이지만, 다만,
이는 공장입지기준고시나 통합지침에 규정되어 있는 사항이 법률 등에 그 위임근거가 있어 정당성을 인정받을 수 있는 경우에 한할 것입니다.
○ 통합지침의 근거법률인 산업입지법 제40조에서 “국토해양부장관은 산업단지 외의 지역에서의 공장설립을 위한 입지지정과 지정승인된 입지의 개발에 관한 기준을 작성·고시할 수 있다”고 규정하여 국토해양부장관에게 공장설립을 위한 입지지정과 지정승인된 입지의 개발에 관한 기준을 통합지침으로 고시하도록 위임하고 있으나, 그 내용이 포괄적으로 규정되어 있어서 위 법률 규정을 직접적인 근거로 하여 통합지침에서 “공장입지지정 승인이 금지된 지역” 등 국민의 권리·의무와 직접 관련된 내용을 창설하여 규정할 수는 없다 할 것이고, 통합지침에서는 공장입지에 관하여 다른 각 개별 법령에서 제한하거나 허용되고 있는 사항 등을 모두 수록하여 국민이 공장입지제한에 관한 사항을 한 눈에 파악하고 쉽게 알 수 있도록 하기 위한 것으로 보아야 할 것입니다.
○ 통합지침 제36조제1항제7호에서 취수장으로부터 일정거리 이내에서 공장설립을 제한하고 있는 것과 관련하여 관계 법령을 살펴보면, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조제1항에서는 “배출시설을 설치하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 환경부장관의 허가를
받거나 환경부장관에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 “환경부장관은 상수원보호구역의 상류지역, 특별대책지역 및 그 상류지역, 취수시설이 있는 지역 및 그 상류지역의 배출시설로부터 배출되는 수질오염물질로 인하여 환경기준의 유지가 곤란하거나 주민의 건강·재산, 동·식물의 생육에 중대한 위해를 가져올 우려가 있다고 인정되는 경우에는 관할 시·도지사의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 배출시설의 설치(변경을 포함한다)를 제한할 수 있다”고 규정하는 한편, 같은 조 제6항은 “제5항의 규정에 의하여 배출시설의 설치를 제한할 수 있는 지역의 범위는 대통령령으로 정하고, 환경부장관은 지역별 제한대상 시설을 고시하여야 한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제31조제1항 본문은 “법 제33조제1항 본문에 따라 설치허가를 받아야 하는 폐수배출시설은 다음 각 호와 같다”고 규정하고 있고, 같은 항 제5호는 “상수원보호구역이 지정되지 아니한 지역 중 상수원 취수시설이 있는 지역의 경우에는 취수시설로부터 상류로 유하거리 15킬로미터 이내에 설치하는 배출시설”을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제32조 본문은 “법 제33조제6항에 따라 배출시설의 설치를 제한할 수 있는 지역의 범위는 다음 각 호와 같다”고 규정하면서, 같은 조
제3호에서 “상수원보호구역이 아닌 지역의 취수시설로부터 상류로 유하거리 15킬로미터 이내인 집수구역”으로 규정하고 있습니다.
○ 위에서 살펴본 바와 같이 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」에서는 취수시설로부터 상류로 유하거리 15킬로미터 이내에서는 배출시설의 설치를 제한하고 있을 뿐 공장설립 자체를 금지하고 있지 않음을 알 수 있는데, 통합지침 제36조제1항제7호에서는 위 법률에서 제한하고 있는 것보다 한걸음 더 나아가 위와 같은 지역에서 공장설립자체를 금지하고 있는바, 이는 법률의 구체적인 위임 없이 고시에서 국민의 권리를 제한하고 있다고 할 것이어서 정당성을 인정받을 수 없고 따라서 이를 이유로 공장설립을 제한할 수는 없다고 할 것입니다.
○ 따라서, 상수원보호구역이 아닌 지역으로서 취수장으로부터 수계상 상류방향으로 유하거리 15킬로미터 이내인 지역에서 공장설립 승인 신청을 한 경우에 산업집적법 제8조 및 그에 따른 「공장입지기준 고시」에 부합하고, 국토계획법 제76조 및 같은 법 시행령 제71조의 용도지역 안에서 건축이 가능한 경우라면 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제33조에 의한 제한은 별개의 논의로 하고, 산업입지법 제40조에 따라 고시한 통합지침 제36조제1항제7호를 적용하여 공장설립을 불승인할 수는 없습
니다.