「해양환경관리법」 제15조제1항에서는 국토해양부장관은 해양환경의 보전ㆍ관리를 위하여 필요하다고 인정되면 환경보전해역 및 특별관리해역을 지정ㆍ관리할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 항 제2호에서는 특별관리해역을 같은 법 제8조제1항에 따른 해양환경기준의 유지가 곤란한 해역 또는 해양환경 및 생태계의 보전에 현저한 장애가 있거나 장애가 발생할 우려가 있는 해역으로서 대통령령이 정하는 해역으로 규정하고 있으며, 같은 법 제84조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제62조에 따르면 특별관리해역에서의 「수산업법」 제8조에 따른 어업의 면허 등에 해당하는 면허ㆍ허가 또는 지정 등(이하 “면허등”이라 함)을 하고자 하는 행정기관의 장(이하 “처분기관”이라 함)은 면허등을 하기 전에 대통령령이 정하는 바에 따라 미리 국토해양부장관과 해역이용의 적정성 및 해양환경에 미치는 영향에 관하여 협의(이하 “해역이용협의”라 함)를 하여야 하고, 국토해양부장관의 해역이용협의 권한은 같은 법 시행령 제94조제4항제11호에 따라 지방해양항만청장에게 위임되어 있으며, 같은 법 제93조제1항에서는 국토해양부장관은 처분기관이 해역이용협의 등을 거치지 아니하고 면허등을 하거나 해역이용협의 등의 의견을 반영하지 아니하고 면허등을 한 때에는 그 면허등의 취소 등 필요한 조치를 할 것
을 해당 처분기관에게 요청할 수 있되, 이 경우 해당 처분기관은 특별한 사유가 없는 한 그 요청에 따라야 한다고 규정하고 있습니다.
한편, 「해상교통안전법」 제57조제1항, 제59조제4항, 제62조, 같은 법 시행령 제14조제2항제15호 및 같은 조 제5항제2호에 따르면, 해상교통량이 아주 많은 해역이나 거대선 등의 통항이 잦은 해역으로서 대형 해양사고가 발생할 우려가 있는 해역에 대하여 교통안전특정해역으로 규율하고 있고, 교통안전특정해역에서의 어업면허와 관련해서는 해양경찰청장(해양경찰서장)과 협의하도록 하고 있으며, 국토해양부장관(지방해양항만청장)은 해양사고가 일어날 우려가 있는 해역에 대하여는 해양경찰청장의 의견을 들어 그 해역의 범위, 선박의 항로 및 속력 등 선박의 항행안전에 필요한 사항을 정하여 고시할 수 있습니다.
그런데, 「해양환경관리법」 제84조 및 같은 법 시행령 제62조에서 특별관리해역에서 어업의 면허를 하려는 처분기관이 면허를 하기 전에 국토해양부장관과 해역이용협의를 하도록 한 취지는 특별관리해역에서 어업면허로 가능하게 되는 어업행위로 인하여 해당 해역에 있어서 해양환경기준의 유지가 곤란해지거나 해양환경 및 생태계 보전에 장애를 초래할 수 있으므로 해당 어업면허가 특별관리해역의 해양환경을 보전·관리하는데 지장
을 주는 것인지를 검토할 수 있게 하여 특별관리해역 내에서의 어업면허를 상호 협의하여 규제·조정할 수 있도록 하려는 것인바, 이 사안에서 문제되는 ‘해양오염사고의 방지를 위한 선박입출항 항로 및 대기선박 정박지의 충분한 확보’라는 해역교통 관련 사항은 해상에서의 안전과 원활한 교통의 확보에 관한 사항으로서 해양환경기준의 유지나 해양환경 및 생태계 보전의 장애와 직접적인 관련이 없다 할 것이어서 「해상교통안전법」 및 「개항질서법」 등 관련 법령의 규제를 받는 것은 별론으로 하고 「해양환경관리법」의 규제영역은 아니라 할 것입니다.
그렇다면 ‘해양오염사고의 방지를 위한 선박입출항 항로 및 대기선박 정박지의 충분한 확보’라는 해역교통 관련 사항은 해당 해역이 교통안전특정해역 내라면 해당 사항에 대하여 「해상교통안전법」에 따라 해양경찰청장(해양경찰서장)과 협의하여야 하는 것일 뿐, 「해양환경관리법」에 따라 국토해양부장관(지방해양항만청장)과 협의하여야 하는 것은 아니라 할 것이고, 해당 해역이 해양오염사고의 방지를 위하여 선박입출항 항로 및 대기선박 정박지의 충분한 확보가 필요한 해역이라고 한다면, 「해상교통안전법」 및 「개항질서법」에 따라 항로나 정박지의 지정·고시를 통하여 항로 등을 확보하거나 또는 해당 해역을 「해상교통안전법」에 따른 교통안전
특정해역에 포함되도록 하거나 같은 법 제62조에 따른 규제를 받는 해역으로 고시할 필요성이 있는 것일 뿐, 이를 이유로 특별관리해역에 어업면허를 내주는 처분기관에 대하여 그 면허처분을 제한하도록 요구할 수는 없다 할 것입니다.
아울러, 「해양환경관리법」 제93조에 따르면 처분기관이 해역이용협의 등의 의견을 반영하지 아니하고 면허등을 한 경우 국토해양부장관은 그 면허등의 취소 등 필요한 조치를 취할 것을 해당 처분기관에게 요청할 수 있고 이 경우 해당 처분기관은 특별한 사유가 없는 한 그 요청에 따르도록 하고 있는바, 해역이용협의의 범위를 확대하여 해석할 경우 면허등이 취소되는 범위가 확대된다는 점을 고려할 때, 해양환경관리법령에 명확하게 규정되지 않는 사항일 뿐만 아니라 다른 법령으로 규율될 수 있는 사항을 해역이용협의의 범위에 포함된다고 확대해서 판단하는 것은 해당 면허등을 받는 자의 권리보호 측면에서도 타당하지 않다 할 것입니다.
따라서, 특별관리해역에 어업의 면허를 하고자 하는 행정기관이 「해양환경관리법」 제84조제1항에 따른 해역이용협의를 하는 경우 협의의 범위에 ‘해양오염사고의 방지를 위한 선박입출항 항로 및 대기선박 정박지의 충분한 확보’라는 해역교통 관련 사항은 포함되지 않습니다.