가. 질의 가에 대하여
「부가가치세법」 제1조제1항제1호, 제2조제1항 및 제6조제1항에 따르면, 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 재화의 공급이 있는 경우 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화를 공급하는 자(이하 “사업자”라 함)에게 부가가치세가 과세된다고 할 것이고, 부가가치세의 납세의무는 원칙적으로 우리나라의 주권이 미치는 범위 내에서 적용된다고 할 것이므로, 보세구역 내에서 재화의 제조 및 공급이 이루어졌다고 하여 이를 달리 볼 것은 아니라고 할 것입니다.
또한, 재화의 공급에 대한 납세의무가 어디에서 발생하는지를 결정하기 위한 개념으로 사용되는 것이 공급(거래)장소라고 할 것이고, 부가가치세 과세권의 핵심은 부가가치세 납세의무가 발생하는 장소를 의미하는 이 공급(거래)장소를 어디로 볼 것인가에 있다고 할 것[서울고등법원 2004. 6. 10. 선고 2003누9369, 2003누9376(병합) 판결례 참조]인바, 「부가가치세법」 제10조제1항제1호에 따르면, 재화가 공급되는 장소로서 재화의 이동이 필요한 경우에는 이를 재화의 이동이 시작되는 장소로 규정함으로써 공급(거래)장소의 개념을 명확히 하고 있으므로, 국내의 보세구역 내에서 재화의 공급
이 있는 경우에도 원칙적으로 부가가치세의 과세대상으로서 납세의무가 발생한다고 할 것입니다.
한편, 우리나라의 부가가치세제는 재화의 국가간 이동에 있어서의 이중과세를 방지하기 위하여 소비지국 과세원칙을 채택하고 있는데, 이러한 소비지국 과세원칙은 일반적으로 재화나 용역이 국내에서 소비되기 위하여 제공되는 경우에는 국내에서 일정한 세율로 과세되고, 국외로 제공되는 경우에는 영세율을 적용하여 소비지국에서 부가가치세가 과세되는 제도로서, 이를 제도적으로 반영하고 있는 대표적인 것이 수출품에 대한 영세율 적용과 수입품에 대한 부가가치세 부과라고 할 것[서울고등법원 2004. 6. 10. 선고 2003누9369, 2003누9376(병합) 판결례 참조]입니다.
위와 같은 부가가치세제의 원칙에 비추어 볼 때, 이 사안과 같이 원자재를 보세구역에 반입하여 수출품의 부품으로 가공한 후 보세구역 내 다른 국내사업자에게 공급한 경우에 있어서 해당 수출품의 국외 반출을 통하여 간접적으로 그 부품의 국가간 이동이 발생한 경우라면 이중과세를 방지하기 위하여 형식적으로는 납세의무가 면제되지 아니하지만 그 부품의 공급에 대한 과세표준에 영세율을 적용할 수 있는지 여부는 별론으로 하고, 보세구역 내에서 발생한 해당 부품의 공급이 처음부터 부가가치세의 과세대상
이 아니라고는 볼 수 없다고 할 것입니다.
따라서, 부품가공업체인 국내사업자가 외국으로부터 매입한 원자재를 미통관 상태로 세관장의 승인을 받아 보세구역 내 보세공장에서 수출품의 부품으로 가공하여 보세구역 내 중계매매인인 다른 국내사업자를 통해 보세구역 내 수출품 제조업자에게 수출품의 부품으로 공급한 후 그 수출품이 국외로 수출된 경우, 위 가공된 수출품의 부품 공급이 영세율을 적용할 수 있는 대상이 될 수 있는지는 별론으로 하고, 「부가가치세법」 제1조제1항제1호의 “재화의 공급”에 해당하여 부가가치세 과세대상이라고 할 것입니다.
나. 질의 나에 대하여
「부가가치세법」 제11조제1항제1호에 따르면, 수출하는 재화의 공급에 대해서는 영(零)의 세율을 적용하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제24조제2항에 따르면, 수출하는 재화에는 같은 항 각 호의 재화가 포함되는 것으로 하고 있으며, 같은 항 제1호에서는 사업자가 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화를 규정하고 있습니다.
한편, 「부가가치세법」 제18조제1항, 제19조제1항, 같은 법 시행령 제64조제3항 및 제65조제2항에 따르면, 사업자는 부가가치세 예정신고를 하면서 같은 법 제11조제1항에 따라 영세율이 적용되는 경우에는
부가가치세예정신고서에 내국신용장이나 구매확인서 사본 또는 외국환은행이 발급하는 수출대금입금증명서 등을 첨부하여 제출하도록 하고 있고, 부가가치세 확정신고를 하면서 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세확정신고서에 소정의 서류를 첨부하여 제출하도록 하되, 부가가치세 예정신고 시 이미 제출한 서류를 제외하도록 하고 있습니다.
그런데, 위와 같이 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 할 때 「부가가치세법 시행령」 제64조제3항 및 제65조제2항과 같이 과세관청이 영세율을 적용하기 위하여 일정한 과세자료를 요구하는 것은 영세율 제도가 수출국과 수입국에서의 각각의 부가가치세 부과로 인한 이중과세를 방지하기 위한 소비지국 과세원칙에 따라 원칙적으로 국제거래(수출)에만 적용된다는 점(대법원 1984. 6. 12. 선고 84누15 판결례 참조)과 국내사업자의 국제경쟁력 제고를 통한 수출 촉진을 위하여 인정된다는 점에서 이에 해당하는 ‘수출하는 재화’에 포함되는지를 같은 법 시행령에서 정하고 있는 과세자료를 통하여 확인하도록 함으로써 과세표준의 양성화를 기하고 근거과세를 확립하려는 데에 그 입법목적이 있다고 할 것(창원지방법원 2010. 12. 9. 선고 2010구합1161 판결례 참조)인바, 이와 같은 과세자료를 제출하지 아니한 경우 「부가가치세법」 제2
2조제8항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 보아 가산세를 부과할지 여부는 별론으로 하더라도, 「국세기본법」 제14조에 따른 국세부과의 원칙인 실질과세의 원칙에 부합하지 않는 경우까지 같은 법 시행령 제64조제3항에서 정하고 있는 과세자료만으로 ‘수출하는 재화’인지를 판단한다는 취지라고 보기는 어렵다고 할 것입니다.
또한, 위에서 살펴본 바와 같이 국제거래에 있어서의 이중과세를 방지하기 위한 소비지국 과세원칙 및 국내사업자의 국제경쟁력 제고를 통한 수출 촉진이라는 영세율 제도의 입법배경이나 목적에 비추어 볼 때, 사업자가 부가가치세 예정신고 또는 확정신고 시에 영세율 적용대상 과세표준을 신고하면서 「부가가치세법 시행령」 제64조제3항 및 제65조제2항에서 정하고 있는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우라도 해당 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 경우라면 영세율을 적용할 수 있다고 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다고 할 것(대법원 2005. 2. 18. 선고 2004두8224 판결례, 수원지방법원 2010. 7. 22. 선고 2009구합12892 판결례 참조)입니다.
위와 같은 실질과세의 원칙은 과세관청에 있어서 세법의 해석 기준 및 집행 기준이 되는 「부가가치세법 기본통칙」 11-64-13에서
사업자가 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 해당 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영의 세율을 적용하도록 한 규정을 통해서도 확인된다고 할 것입니다.
따라서, 부품가공업체인 국내사업자가 외국으로부터 매입한 원자재를 미통관 상태로 세관장의 승인을 받아 보세구역 내 보세공장에서 수출품의 부품을 가공하여 보세구역 내 중계매매인인 다른 국내사업자를 통해 보세구역 내 수출품 제조업자에게 수출품의 부품으로 공급한 후 그 수출품이 국외로 수출된 경우, 위 중계매매인으로부터 추가적인 구매확인서를 교부받지 않아 내국신용장이나 구매확인서를 첨부하지 아니하고 영세율을 적용한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 하였더라도 관련 서류 등에 의하여 영세율 적용대상임이 확인되는 경우라면 「부가가치세법」 제11조제1항제1호에 따른 영세율을 적용할 수 있다고 할 것입니다.