「군사기지 및 군사시설 보호법」(이하 “군사기지보호법”이라 함)에 따르면 군사기지 및 군사시설 보호구역(이하 “보호구역”이라 함)은 합동참모의장이 관계행정기관의 장과 미리 협의한 후 국방부장관에게 그 지정을 건의하는 경우 국방부장관이 군사기지 및 군사시설의 보호, 군사작전의 원활한 수행 및 군용항공기의 비행안전에 필요한 최소한의 범위 안에서 국방부 군사기지 및 군사시설 보호 심의위원회의 심의를 거쳐 지정하고 있고(제3조, 제4조제1항 및 제3항), 지정된 보호구역은 군사기지의 용도 해제, 군사시설의 철거, 작전환경의 변화, 그 밖의 사유로 보호구역을 유지할 필요가 없게 된 때에는 지체없이 해제해야 하여 그 지정 및 운영이 엄격하게 제한되고 있는바(제4조제2항), 이러한 점에 비추어 볼 때 보호구역은 군사적 보호의 필요성이 매우 높은 지역으로서 보호구역 안에서의 행위 제한도 이러한 보호구역의 설정 취지에 맞추어 해석해야 할 것이고, 따라서 군사기지보호법 제13조제1항 및 같은 법 시행령 제13조제3항에 따라 군 협의가 면제되는 대상은 이러한 보호구역의 군사적 보호 필요성에 비추어 제한적으로 해석하는 것이 바람직합니다.
그리고, 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」(이하 “개발제한구역법”이라 함)에 따르면 개발제한구역은
도시의 난개발 방지라는 목적도 가지는 한편 보안상 도시개발을 제한하기 위한 목적도 가지는바(제3조), 개발제한구역에서의 개발행위에 대해서는 개발제한구역이 아닌 지역에서의 개발행위보다 군사적인 측면에서 개발행위를 규제해야 할 필요성이 상대적으로 더 크다고 할 것입니다.
한편, 「건축법」에 따르면 같은 법 제14조제1항에 따른 건축신고를 해도 개발제한구역법 제12조제1항 단서에 따른 행위허가는 의제되지 않는바, 행정관례상 건축신고와 개발제한구역법에 따른 행위허가가 동시에 처리된다고 해도 이들은 별개의 허가와 신고라 할 것이고, 군사기지보호법 및 같은 법 시행령에서 군 협의를 면제해주고 있는 것은 「건축법」 제14조제1항에 따른 건축신고 및 이에 따라 의제되는 인ㆍ허가에 한하고 있으므로, 군사기지보호법이나 「건축법」에 별도의 명시적 규정을 두지 않는 한 신고 대상인 건축물의 건축을 목적으로 하는 개발제한구역 안에서의 행위허가라 해도 이것은 별개의 허가로 보아야 할 것이고, 그 개발행위허가의 내용이 군사기지보호법 제13조제1항 각 호의 어느 하나에 해당한다면 이는 군 협의의 대상이 된다고 보아야 할 것입니다.
따라서, 행정기관의 장이 개발제한구역이면서 군사기지 및 군사시설 보호구역인 지역 안에서 「건축법」 제14조제1항에 따라 건축신고
대상에 해당하는 건축물의 건축을 목적으로 해당 부지에 개발제한구역 안에서의 행위허가 대상이 되는 임목의 벌채나 지형의 변경에 대해 허가를 하려는 경우 군 협의를 해야 합니다.