농지보전부담금 부과처분 취소청구

청구인의 청구를 기각한다.

1. 사건개요 가. 청구인은 A도 ○○시 ○○면 ○○리 @@@번지 일원(총 부지면적 506,930㎡ 중 농지면적 347,125㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에서 시행되는 ○○일반산업단지 개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)의 시행자이고, 피청구인은 한국농어촌공사사장을 경유하여 2016. 8. 4. 청구인에게 이 사건 토지에 대한 농지보전부담금 43억 1,708만 3,980원을 부과하였고, 청구인은 2016. 8. 10. 위 농지보전부담금을 납부하였다. 나. 피청구인은 한국농어촌공사사장을 경유하여 2021. 4. 28. 청구인에게 「농지법」 제38조제1항 및 제7항을 근거로 기존에 부과한 농지보전부담금 외에 이 사건 토지의 택지 부분(학교용지와 주차장용지)에 대한 추가 농지보전부담금 5억 7,996만 4,300원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 2. 청구인 주장 피청구인은 이 사건 토지 중 학교용지와 주차장용지에 대하여 일관되게 공공시설용지로 보아 그에 대한 농지보전부담금을 면제한다는 내용으로 청구인에게 고지하였음에도 불구하고, 위 용지를 택지로 보아 이 사건 처분을 하였으므로 신뢰보호의 원칙을 위배하였으며, 학교용지와 주차장용지는 공공시설용지이므로 농지법 시행령 별표 2에 의해 농지보전부담금 100% 감면 적용해야 하므로, 피청구인의 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하다. 3. 관계법령 농지법 제34조, 제38조, 제51조 농지법 시행령 별표 2 4. 인정사실 청구인과 피청구인이 제출한 농지전용 협의 회신문, 이 사건 처분서 등 각 사본의 기재내용을 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 가. 피청구인은 2016. 1. 14. 다음과 같이 ○○ 일반산업단지계획 승인을 고시하였다. 다 음 - ○ 산업단지 지정(개발계획) - 위치: A도 ○○시 ○○면 ○○리 @@@번지 일원(면적 500,747㎡) - 개발방법: 민간개발방식(분양) 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> - 개발되는 토지 또는 시설물의 관리처분에 관한 계획서 나. 피청구인은 2016. 8. 2. 다음과 같이 ○○시장과 한국농어촌공사사장에게 이 사건 개발사업 변경 승인을 위한 농지분야·전용협의 회신을 하였다. 다 음 - ○ 협의요청 사항 - 농지면적 : 348,587㎡(총 부지면적 507,703㎡) * 당초 362,701㎡ 보다 14,114㎡ 감소 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> - 시설별 농지편입현황 총괄표 다. 피청구인은 한국농어촌공사사장을 경유하여 2016. 8. 4. 청구인에게 다음과 같이 농지보전부담금 43억 1,708만 3,980원을 부과하였고, 청구인은 2016. 8. 10. 위 농지보전부담금을 납부하였다. 다 음 - ○ 금액(원): 43억 1,708만 3,980원(당초 46억 8,107만 5,290원) ○ 감면비율 - 택지조성부지(105,632㎡): 0% 감면(농지법 시행령 별표 2 제2호나목의1) - 산업단지(242,955㎡): 100% 감면(농지법 시행령 별표 2 제2호나목) 라. 피청구인은 2017. 7. 5. 다음과 같이 ○○시장과 한국농어촌공사사장에게 이 사건 개발사업 변경 승인을 위한 농지분야·전용협의 회신을 하였다. 다 음 - ○ 협의요청 사항 - 농지면적 : 347,149㎡(총 부지면적 507,113㎡) * 당초 348,587㎡ 보다 1,438㎡ 감소 - 시설별 농지편입현황 총괄표 ○ 농지보전부담금 부과명세서 - 택지조성부지(105,632㎡): 0% 감면(농지법 시행령 별표 2 제2호나목의1) 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> - 산업단지(240,658㎡): 100% 감면(농지법 시행령 별표 2 제2호나목) 마. 피청구인은 2019. 9. 20. 다음과 같이 ○○ 일반산업단지 관리기본계획 변경고시를 하였다. 다 음 - 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> ○ 용도별 분양계획(변경) 바. 피청구인은 2021. 4. 26. 다음과 같이 ○○시장과 한국농어촌공사사장에게 이 사건 개발사업 계획(변경) 승인에 따른 농지전용(변경)협의 회신을 하였다. 다 음 - ○ 협의요청 내역 - 농지전용(변경) 협의: (당초) 347,125㎡→347,149㎡ * 변경내역: 지구내 구역계 변경 및 지구외 연결도로 신설 ○ 토지편입현황 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> ○ 농지보전부담금 부과명세서 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> ○ 시설별 농지편입현황 총괄표 〔별표·서식 이미지 — 상단 '원문 보기'에서 확인〕 </img> 사. 피청구인은 한국농어촌공사사장을 경유하여 2021. 4. 28. 청구인에게 이 사건 토지에 대한 추가 농지보전부담금 5억 7,996만 4,300원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. 5. 이 사건 처분의 위법·부당 여부 가. 관계법령의 내용 1) 「농지법」 제34조제1항제1호, 제38조제1항 및 제6항, 제51조에 의하면, 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전·관리 및 조성을 위한 부담금(이하 ‘농지보전부담금’이라 한다)을 농지관리기금을 운용·관리하는 자(농림축산식품부장관)에게 내야 하고, 이 법에 따른 농림축산식품부장관의 권한은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 위임할 수 있으며, 이 법에 따른 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 한국농어촌공사에 위탁할 수 있고, 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제35조에 따라 농지관리기금의 운용ㆍ관리업무를 위탁받은 자에게 농지보전부담금 수납 업무를 대행하게 할 수 있다고 되어 있다. 2) 「농지법」 제38조제6항에 의하면, 농림축산식품부장관은 국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우, 대통령령으로 정하는 중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있고, 같은 법 시행령 별표 2에 의하면 산업단지의 경우 감면대상이나 다만, 택지로 조성하는 경우에 해당하는 경우는 제외한다고 되어 있으며, 국가 또는 지방자치단체 외의 자가 설치하는 공용ㆍ공공용 시설로서 국가 또는 지방자치단체에 해당 시설을 무상으로 증여하려고 설치하는 시설의 용지, 농지전용을 신청하는 자가 직접 설치하거나 무상으로 용지를 공급하여 설치하는 국ㆍ공립학교에 해당하는 시설은 감면대상으로 되어 있다. 나. 판단 청구인은 피청구인이 이 사건 토지 중 학교용지와 주차장용지에 대하여 일관되게 공공시설용지로 보아 그에 대한 농지보전부담금을 면제한다는 내용으로 청구인에게 고지하였음에도 불구하고, 위 용지를 택지로 보아 이 사건 처분을 하였으므로 신뢰보호의 원칙을 위배하였으며, 학교용지와 주차장용지는 공공시설용지로서 「농지법 시행령」 별표 2에 의해 농지보전부담금 100% 감면 적용해야 한다고 주장하므로 살펴본다. 위 인정사실에 따르면, 피청구인은 2016. 8. 2.자 ○○시장과 한국농어촌공사사장에게 이 사건 개발사업 변경 승인을 위한 농지분야·전용협의 회신을 통해 이 사건 토지의 학교 농지면적과 주차장 농지면적 등을 변경하면서 두 곳 모두 산업단지이며, 공공시설용지로 100% 감면 대상이라고 적시하였고, 2017. 7. 5.자 ○○시장과 한국농어촌공사사장에게 보낸 이 사건 개발사업 변경 승인을 위한 농지분야·전용협의 회신에서도 여전히 학교와 주차장 부지는 모두 산업단지이며, 공공시설용지로 100% 감면 대상이라고 적시하고 있음이 인정된다. 다만, 피청구인은 2016. 1. 14. 이 사건 개발사업 승인 고시를 하면서 분양을 통한 민간개발방식이라는 사실과 학교와 주차장은 처분대상 용지라는 사실을 명시하였고, 2019. 9. 20. ○○ 일반산업단지 관리기본계획 변경고시를 통해 지원시설구역에 학교와 주차장을 포함시키며, 분양여부는 유상으로 한다는 사실을 고시하였고, 2021. 4. 26. 이 사건 개발사업 계획(변경) 승인에 따른 농지전용(변경) 협의ㆍ회신을 하며 학교와 주차장이 택지에 포함되어 농지보전부담금 부과대상에 해당함을 표시하였는바, 피청구인이 청구인에 대해 개발사업이 진행되는 과정에서 학교용지와 주차장용지에 대해 농지보전부담금을 부과하지 않을 것이라는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없으므로 피청구인이 신뢰보호의 원칙을 위배하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 다음으로, 「농지법 시행령」 별표 2에 의하면 산업단지의 경우 기본적으로 농지전용부담금의 감면대상이나 다만, 택지로 조성하는 경우에 해당하는 경우는 제외한다고 되어 있고, 국가 또는 지방자치단체 외의 자가 설치하는 공용ㆍ공공용 시설로서 국가 또는 지방자치단체에 해당 시설을 무상으로 증여하려고 설치하는 시설의 용지, 농지전용을 신청하는 자가 직접 설치하거나 무상으로 용지를 공급하여 설치하는 국ㆍ공립학교에 해당하는 시설은 감면대상이 된다고 규정하고 있으나, 2019. 9. 20.자 ○○ 일반산업단지 관리기본계획 변경고시에 따르면 지원시설구역 중 학교와 주차장을 유상으로 분양한다고 고시되어 있는바, 이 사건 토지 중 학교용지와 주차장용지는 청구인이 국가 또는 지방자치단체에 해당 시설을 무상으로 증여하려고 설치하는 시설의 용지이거나 농지전용을 신청하는 자가 직접 설치하거나 무상으로 용지를 공급하여 설치하는 국ㆍ공립학교로서 농지전용부담금 감면대상에 해당한다고 볼 수 없으므로 피청구인이 한 이 사건 처분이 위법ㆍ부당하다고 할 수 없다. 7. 결 론 그렇다면 청구인의 주장을 인정할 수 없으므로 청구인의 청구를 받아들이지 않기로 하여 주문과 같이 재결한다.